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静岡県立大学教員データベース


教員情報詳細


写真:中野 祥吾

氏名
中野 祥吾(NAKANO Shogo)
出生年月
1984年9月
所属・職名
食品栄養科学部食品生命科学科(食品蛋白質工学研究室) 助教
食品栄養環境科学研究院 助教(兼務)
Eメールアドレス
snakano@u-shizuoka-ken.ac.jp
ホームページアドレス(URL)
https://dfns.u-shizuoka-ken.ac.jp/labs/proeng/
研究シーズ集
https://www.u-shizuoka-ken.ac.jp/media/seeds2019-2020_066.pdf

学歴

2007年3月 広島大学理学部化学科卒業
2009年3月 広島大学大学院理学研究科博士課程前期修了
2012年3月 広島大学大学院理学研究科博士課程後期修了

学位

理学博士(広島大学・2012年)

専門分野

酵素化学、構造生物学、計算化学、バイオインフォマティクス

担当科目

バイオ- 静岡から世界へA –、バイオインフォマティクス、酵素学、蛋白質工学、食品化学実験

主要研究テーマ

  • コンピュータを用いた人工タンパク質設計法の開発とその機能解析
  • 様々な酵素の構造と機能の解明

所属学会

日本生化学会
日本農芸化学会
日本生物物理学会
Protein Society

主な経歴

2012年4月 ERATO浅野酵素活性分子プロジェクト研究員
2015年4月~ 静岡県立大学食品栄養科学部助教
2015年~2017年 静岡県工業技術研究所沼津工業技術支援センター 外部研究員
2016年~ 立教大学非常勤講師

受賞歴

2009年 日本生化学会優秀プレゼンテーション賞(第82回日本生化学会大会)
2011年 鈴木紘一メモリアル賞(第84回日本生化学会大会)
2015年 Outstanding Reviewer Status (Journal of Molecular Catalysis. B, Enzymatic, Elsevier)
2018年 静岡テックプラングランプリ最優秀賞 (ソフトウェア開発者として参画)

主な社会活動

 

主要研究業績

○学術論文
  1. Elucidation of molecular mechanism of a selective PPARα modulator, pemafibrate, through combinational approaches of X-ray crystallography, thermodynamic analysis, and first-principle calculations, International Journal of Molecular Sciences, 21(1), 361, (2020)
  2. Deracemization and Stereoinversion to Aromatic D-Amino Acid Derivatives with Ancestral L-Amino Acid Oxidase, ACS Catalysis, 9, 10152-10158, (2019)
  3. Competitive Binding Assay with an Umbelliferone-based Fluorescent Rexinoid for Retinoid X Receptor Ligand Screening, Journal of Medicinal Chemistry, 62(19), 8809-8818, (2019)
  4. Kinetics-based structural requirements of human immunoglobulin G binding peptides, ACS Omega, 4(11), 14390-14397, (2019)
  5. Following the Evolutionary Track of a Highly Specific L-Arginine Oxidase by Reconstruction and Biochemical Analysis of Ancestral and Native Enzymes, Applied and Environmental Microbiology, 85(12), pii: e00459-19, (2019)
  6. Development of analysis toolkit to visualize interaction energies generated by fragment molecular orbital calculations, Journal of Chemical Information and Modeling, 59, 25-30, (2019)
  7. Dual conformation of the ligand induces the partial agonistic activity of retinoid X receptor alpha, FEBS Letters., 593, 242-250, (2019)
  8. Improvement of ST0452 GlcNAc-1-phosphate uridyltransferase activity by the cooperative effect of two single mutations identified through structure-based protein engineering, Applied Environmental Microbiology, 84, e02213-18, (2018)
  9. Benchmark Analysis of Native and Artificial NAD+-Dependent Enzymes Generated by a Sequence-Based Design Method with or without Phylogenetic Data, Biochemistry, 57, 3722-3732, (2018)
  10. Binding of Catechins to Staphylococcal Enterotoxin A, Molecules, 23, 1125, (2018)
  11. Product release mechanism associated with structural changes in monomeric L-threonine 3-dehydrogenase, Biochemistry, 56, 5758-5770, (2017)
  12. Rational identification of aggregation hotspots based on secondary structure and amino acid hydrophobicity, Scientific Reports, 7, 9558, (2017)
  13. Origin of stereoselectivity and substrate/ligand recognition in an FAD-dependent R-selective amine oxidase, J. Phys. Chem. B., 120, 10736-10743, (2016) 
  14. In Silico Identification for α-Amino-ε-Caprolactam Racemases by Using Information on the Structure and Function Relationship, Appl. Biochem. Biotechnol.., 176, 1303-1314 (2015)
  15. Structural and computational analysis of peptide recognition mechanism of class-C type penicillin binding protein, alkaline D-peptidase from Bacillus cereus DF4-B, Sci Rep., 5: 13836 (2015)
  16. Protein evolution analysis of S-hydroxynitrile lyase by complete sequence design utilizing the INTMSAlign software. Sci Rep., 5: 8193 (2015)
  17. Tailoring D-Amino Acid Oxidase from the Pig Kidney to R-Stereoselective Amine Oxidase and its Use in the Deracemization of alpha-Methylbenzylamine. Angew Chem Int Ed Engl 53(17): 4428-4431 (2014)
  18. Binding of NAD+ and L-Threonine Induces Stepwise Structural and Flexibility Changes in Cupriavidus necator L-Threonine Dehydrogenase." J Biol Chem 289(15): 10445-10454 (2014)
  19. Structural and functional analysis of hydroxynitrile lyase from Baliospermum montanum with crystal structure, molecular dynamics and enzyme kinetics." Biochim. Biophys. Acta 1844(12): 2059-2067 (2014)
  20. X-ray crystallographic evidence for the presence of the cysteine tryptophylquinone cofactor in L-lysine epsilon-oxidase from Marinomonas mediterranea." J Biochem 154(3): 233-236 (2013)
  21. X-ray crystal structure of a mutant assimilatory nitrite reductase that shows sulfite reductase-like activity." Chem Biodivers 9(9): 1989-1999 (2012)
  22. The reductive reaction mechanism of tobacco nitrite reductase derived from a combination of crystal structures and ultraviolet-visible microspectroscopy." Proteins 80(8): 2035-2045 (2012)
  23. Structure-function relationship of assimilatory nitrite reductases from the leaf and root of tobacco based on high-resolution structures." Protein Sci 21(3): 383-395 (2012)
  24. Structural implication for the impaired binding of W150A mutant LOX-1 to oxidized low density lipoprotein, OxLDL." Biochim Biophys Acta 1824(5): 739-749 (2012)
  25. The hydrophobic core of FliG domain II is the stabilizer in the Salmonella flagellar motor." Microbiology 158(Pt 10): 2556-2567 (2012)

○英文総説
  1. In Vitro and In Silico Studies of the Molecular Interactions of Epigallocatechin-3-O-gallate (EGCG) with Proteins That Explain the Health Benefits of Green Tea, Molecules, 23, 1295, (2018)
  2. Computational Molecular Docking and X-ray Crystallographic Studies of Catechins in New Drug Design Strategies, Molecules, 23, 2020, (2018)

○日本語総説・解説
  1. 新規アミノ酸配列解析手法の開発とタンパク質工学への応用, 生物工学会誌 特集 (日本生物工学会), 96, 573-577, (2018)
  2. タンパク質の二次構造とアミノ酸の疎水性度に基づいた凝集に関連するホットスポットの合理的同定法, 酵素工学ニュース 第80号, 10, (2018)
  3. ウェット・ドライ融合によるタンパク質工学研究の今、生物工学会誌 バイオミディア(日本生物工学会)95, 22 (2017)
  4. 光学活性アミンを合成する酵素 -自然界にない新しいアミン酸化酵素の開発, 化学, 69, 45-49 (2014)

○特許
  1. 特開2018-88864
  2. 特願2018-93399

教育・研究に対する考え方

教育:与えられた課題について、自ら解決法を考え、それを実行できる力を持った人材を育成したい。
研究:様々な分野の研究者との共同研究を通して、その考え方を学び、実践することで新たな研究領域を切り開いていきたい。

研究シーズ集に関するキーワード

酵素・蛋白質の人工設計, 蛋白質, インシリコスクリーニング, タンパク質工学, 酵素化学, 構造生物学

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